Elburg ontstond als vissersdorpje aan de Zuiderzee. Vandaag blokkeert Flevoland de directe toegang naar het IJsselmeer, maar Elburg ligt nog steeds aan het Veluwemeer en aan het Drontermeer.
De levendige visserij in de omgeving maakte Elburg al gauw tot handelsplaats. Kooplieden kwamen en de handel nam toe; het was een zelfversterkend proces. De bevolking groeide en het dorp werd een stadje. Elburg heeft ergens tussen 1220 en 1271 stadsrechten gekregen. Bewijsstukken van een exacte datum missen of zijn onduidelijk, maar in een charter van graaf Floris V van Holland werd “de stad Elburg” voor het eerst genoemd in een politieke context (1291). Door de goed ontwikkelde visserij en alle handel die dit teweegbracht, kon Elburg zich aansluiten bij de Hanze: een middeleeuws netwerk van handelssteden met een reikwijdte van Engeland en Noorwegen tot aan Rusland.
In 1392 gaf de hertog van Gelre, Willem van Gulik, het bevel om het stadje te verplaatsen. Rentmeester Arent thoe Boecop gebruikte toen een deel van de oude bebouwing om een nieuwe stad te bouwen met een rechthoekig stratenplan. De kerk kwam hierdoor buiten de stadsmuren te liggen. In 1397 werd er ook een nieuwe kerk gebouwd binnen de stadsmuren, namelijk de Sint-Nicolaaskerk. Er is nooit bekend geworden waarom dit gebeurd is. Er was geen (veiligheids)noodzaak voor en er speelden ook geen politieke motieven. Enfin, sindsdien is Elburg een vestingstad met middeleeuwse stadsmuren en verdedigingswerken. De kazematten getuigen hier nog van en de stadsplattegrond is bijna symmetrisch.
Hoewel er nog lang vissersbootjes in de haven lagen, zakte de visserij in Elburg vanaf de 18e eeuw in. Met de aanleg van de Afsluitdijk (1927-1932) en de geleidelijke creatie van de provincie Flevoland nam de vissersactiviteit nog meer af. De Vischpoort, de oude stadspoort van Elburg, herinnert nog wel aan de handel die het stadje in het verleden zoveel rijkdom bracht. In de haven werd ruim twee eeuwen geleden een werf gevestigd waar botters werden gebouwd (een historisch type vaartuig). Sinds 2008 zit er op die locatie een nieuwe werf van de botterstichting. Goede zaak, want deze stichting houdt het maritieme erfgoed in leven voor toekomstige generaties.